河北欧易生物空间转录组规格

单细胞空间转录组数据分析可视化平台 目前， 8种空间转录组技术，这些数据来自5个物种，包括人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆虫线和斑马鱼。研究团队针对这些数据集进行了整合中统计描述的转录组技术研究团队从论文中提取了每种技术的简要说明和示意图，并研读了每个数据集的原始论文，提取相应的元数据，包括出版信息、数据描述、实验设计、样本和数据可用性等。单细胞空间转录组于数据集中来自不同组织、处理方法的样本或生物技术复制品，研究团队将其手动划分为305个子数据集。所有收集的数据集和研究结果均有文章发表。可用于可视化和比较空间分辨下的转录组数据。该数据库提供的空间差异表达基因及丰富的功能注释，有助于进一步数据分析。组织细胞的空间结构提供了一个资源库，并为了解疾病中的细胞微环境带来新的见解。目前，空间转录组可从获得，无需注册或登录。人类细胞图谱计划的主要目标之一是表征所有细胞类型的空间关系，同时基于表达特征在空间上映射多种细胞类型可能的相互作用。空间转录组技术重点为特殊的载玻片。河北欧易生物空间转录组规格

用新的角度重新说明下空间信息的价值。当下是存在很多机会的，可以通过计算技术将空间信息和scRNA-seq结合起来，再将单细胞映射回空间，这样构建和使用参考图谱。这个对从原位杂交或不使用以前图谱重建空间图谱的计算方法很感兴趣。换一种方式说明，novoSpaRc，在没有参考图谱的情况下进行“基因表达绘制图谱”。它基于关于基因表达如何在组织切片中变化的假设。vanOudenaarden说，拥有更多关于组织的数据是一笔财富，这笔财富使得了解重要的“骨骼”（生物学的关键方面）成为“一个更大的难题”。这是一种新的方式，单细胞组学和空间方法的结合“确实是一种产生无限可能的方式，当然还需要使用单独收集的数据来确认和验证发现。 河北欧易生物空间转录组规格空间转录组的组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息 。

单细胞转录组RNA测序（scRNA-seq）技术的出现促进了现代细胞和分子生物学的发展。scRNA-seq可以覆盖大量RNA-seq数据中的细胞子集，并提供每个单细胞的转录组信息，揭示细胞间的异质性。单细胞空间转录组技术，但是当scRNA-seq应用于组织时，会丢失至关重要的空间信息。而单细胞空间转录组技术可以同时进行单细胞转录组测序并记录组织细胞的空间位置信息，在神经科学、发育生物学、免疫学等研究领域都有重要应用。随着检测空间基因表达模式方法的不断出现，空间转录组数据正在迅速积累。由于方法的多样性和数据分析的复杂性，该领域尚缺乏一个可方便整合、比较和可视化空间转录组数据的数据库。为解决这一问题，欧易生物技术团队开发了针对空间转录组技术和数据集的数据库，可供研究人员有效使用已发布的空间转录组数据。

空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类，然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上，同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后，首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序，它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。除大脑以外的其他***的技术现代化，将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。

美国脑计划启动的 BICCN 项目，该项目将整合不同类型细胞的分子、解剖学和生理学特性，创建小鼠脑细胞 3D 参考图谱，同时也将基于人类和非人类灵长类脑组织样本，绘制脑细胞参考图谱 ，其涉及空间转录组学技术主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些实现空间转录组学的重要技术，可以追溯到二十世纪七十年代，长期以来，各种形式的原位杂交技术（ISH）已用于可视化空间中的基因表达。从技术原理中不难看出，空间转录组技术重要为特殊的载玻片。10X Genomics 继单细胞测序后也推出了空间转录组测序技术。河北欧易生物空间转录组规格

scRNA-seq 技术的进步启发了利用高分辨率转录组定量分析与空间转录组学数据的互补性质的新方法。河北欧易生物空间转录组规格

单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接下来的时间里，单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息，但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息，但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率（10个左右细胞）。因此，这两个技术的存在是天然互补的，而将两者的结合也是水到渠成，完美结合。河北欧易生物空间转录组规格

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